Les scientifiques espèrent éclairer des protéines humaines inconnues avec une nouvelle base de données publique
Une nouvelle base de données accessible au public a été créée qui contient les milliers de protéines codées par des gènes du génome humain dont la fonction reste un mystère. Surnommée la base de données « Unknome », l’objectif de ce référentiel est de promouvoir une exploration plus rapide des protéines sous-étudiées. Il attribue un score de « connaissance » à chacune de ces protéines et les classe en fonction de facteurs tels que la fonction, la conservation entre les espèces et la compartimentation subcellulaire.
Développé par Matthew Freeman et Sean Munro de l’Université d’Oxford au Laboratoire de biologie moléculaire du MRC à Cambridge et leurs collègues, Unknome contient tous les clusters de protéines qui contiennent au moins une protéine humaine ou l’un des 11 organismes modèles.
Lorsque l’équipe de recherche a étudié un sous-ensemble de protéines dans la base de données, en se concentrant sur 260 gènes chez l’homme dont on ne sait presque rien qui avait des gènes comparables chez les mouches, ils ont découvert qu’une majorité contribuait aux fonctions essentielles influençant la fertilité, le développement, la croissance des tissus, les protéines contrôle de la qualité et résistance au stress. «Les résultats suggèrent que, malgré des décennies d’études détaillées, il reste des milliers de gènes de mouches à comprendre, même au niveau le plus élémentaire, et il en va clairement de même pour le génome humain», concluent les auteurs.
Munro a déclaré que la négligence de ces protéines n’est pas méritée. «Notre base de données fournit une plate-forme puissante, polyvalente et efficace pour identifier et sélectionner des gènes importants de fonction inconnue à des fins d’analyse, accélérant ainsi la réduction du fossé des connaissances biologiques que représente l’inconnu», a-t-il déclaré. L’équipe d’Unknome s’inquiète du fait que le rôle de milliers de protéines humaines reste incertain, mais la recherche a tendance à se concentrer sur celles qui sont déjà bien comprises.
Les créateurs de la base de données Unknome espèrent que, contrairement à d’autres bases de données, elle diminuera plutôt que de croître avec le temps.